研究生教育

    學校于1980年開始招收培養碩士研究生，1990年獲得碩士學位授予權，2003年獲得博士學位授予權，學位與研究生教育經歷了從無到有，規模由小到大，培養類型由單一到多元，培養層次由低到高的發展歷程。
    學校現有博士學位授權點4個，碩士學位授權點53個，分布在經濟學、法學、教育學、理學、工學、農學、醫學、管理學等8個學科門類，涉及13個教學學院。有作物栽培學與耕作學、農業經濟管理 2個博士后流動站，1個博士后科研工作站，有農業推廣碩士、工程碩士、工商管理碩士（MBA）、獸醫碩士4個專業學位，13個高校教師在職攻讀碩士學位專業招生。現有博士研究生導師36人，碩士研究生導師479人。目前在校全日制研究生1707人，其中博士研究生87人，碩士研究生1620人；專業學位研究生287人。

留學生教育

    我校自2002年開始舉辦來華留學生教育，首期招收巴基斯坦籍臨床醫學本科留學生18名，并于2004年開始接收韓國忠南大學來我校進行漢語學習的學生。截至今年，共招收臨床醫學本科留學生286人，漢語言留學生43人。臨床醫學專業的教學借鑒了英式醫學本科教育大綱，全程英語授課。
    目前在校生：臨床醫學專業：219人，主要來自巴基斯坦。漢語言學習班：6人，主要來自韓國、俄羅斯、哈薩克斯坦、烏茲別克斯坦。 

MBA教育

　　經教育部和國務院學位辦批準 ，石河子大學2007年開辦MBA教育項目。MBA（Master of Business Administration）即工商管理碩士簡稱，其教育目標是培養通曉國際管理知識和規則、具有全球化意識的高級管理人才。

　　石河子大學的MBA培養工作 ，由學校 MBA 教育中心具體組織實施。根據MBA教育實務性、綜合性和應用性的特點，依托北京大學光華管理學院和石河子大學雄厚的教學與科研力量，整合相關學院的優勢資源，組建了一支經驗豐富的教師隊伍。MBA任課教師均為教授、副教授，其中多門核心課程由北京大學光華管理學院教授擔綱。

成人、高職教育

　　石河子大學成人教育辦學涵蓋高升本科、專升本科、專科三個層次，已開辦本、專科專業83個，覆蓋十大學科門類。目前，學院在校外設有二級函授站兩個，醫學類辦學點三個，現有各類成人在校生5261人。2004年以來中國農業大學和陜西師范大學在學院設立了現代遠程教育中心，共有在校生300余人，使辦學形式由原來傳統的脫產、業余、函授拓寬、延伸到現代遠程教育。

　　高職教育依托綜合大學優良的辦學資源，不斷優化專業結構、突出職業技能特色。目前共開設了12個專業，包含了國家確定的計算機應用與軟件技術、數控技術、汽車運用與維修、護理學等技能型緊缺人才專業，現有在校生1223人。2004年10月和2005年1月學院分別順利通過了自治區教育廳對高職高專評估的督導檢查及成人函授教育的專項評估。2006年啟動了高職特色專業建設工程，首次評審確定了計算機、數控、護理和口腔四個專業為校級特色專業，加大了專業建設力度。